Mit indirekter Immunfluoreszenz sind Antikörper gegen Thyreoglobulin (TGA) und Antikörper gegen Schilddrüsen Peroxidase (mikrosomale Antikörper, TMA) nachweisbar. Tyreoglobulin Antikörper erkennen ein 66kDa Glykoprotein Dimer, welches im Schilddrüsenkolloid gespeichert wird. Die Antikörper gegen Schildrüsenmikrosomen sind gegen ein Hämoprotein mit einem Molekulargewicht von 105 kD gerichtet.
Auf dem Äthanol - fixierten Affenschilddrüsenschnitt zeigt sich eine wolkige Anfärbung der mit Kolloid gefüllten Schilddrüsenfollikel. Bei nicht fixierter Schilddrüse wird das wasserlösliche Thyreoglobulin ausgewaschen und kann nicht mehr angefärbt werden.
Auf dem Schilddrüsenschnitt zeigt sich eine feingranuläre Anfärbung der Schilddrüsenepithelzellen, die meist apikal verstärkt ist. Das Bindegewebe wird nicht angefärbt.
Die ebenfalls häufigen Antikörper gegen den TSH Rezeptor können mittels Immunfluoreszenz nicht nachgewiesen werden.
Antikörper gegen Schildrüsenantigene werden bei verschiedenen Schilddrüsenerkrankungen gefunden, beim Morbus Basedow in 50-70 %, bei primärer Hypothyreose in 85 %, bei der Hashimoto´s Thyreoiditis in 95 % und bei malignen Schilddrüsenerkrankungen in 45 % der Fälle. Bei gesunden Testpersonen werden Schilddrüsenantikörper in 9 % der Fälle gefunden.
Antikörper gegen Schilddrüsenantigene werden routinemäßig mit Immunoassays für Thyreoglobulin (TGA) und Thyreoperoxidase (TPO) bestimmt. Die Immunfluoreszenztests kommen nicht mehr zum Einsatz.